Застосування геномного секвенування M. Tuberculosis у практичній епідеміології туберкульозу (огляд)

Abstract

Відстеження контактів разом з генотипуванням є важливими засобами з’ясування передачі туберкульозу (ТБ) від людини до людини. Роль і місце повного секвенування геному (ПСГ) M. tuberculosis в епідеміологічних дослідженнях, особливо напопуляційному рівні та у різних груп ризику вивчені недостатньо. Цей систематизований огляд має за мету визначити чутливість і специфічність ПСГ для виявлення недавньої передачі ТБ з використанням звичайної епідеміології як «золотого стандарту» і дослідити, чи ПСГ ідентифікує раніше незафіксовані факти передачі. Систематизований огляд був проведений відповідно до критеріїв бажаних елементів звітності для систематизованих оглядів і метааналітичних досліджень. Змішана стратегія пошуку була розроблена для виявлення всіх відповідних досліджень, опублікованих в період з 01.01.2005 по 30.11.2014 з використанням трьох баз даних у мережі Інтернет. Публікації, що відповідали спеціальним критеріям, були виявлені та їх дані були використані в огляді. Загалом було включено 12 публікацій. Установлено, що ПСГ має більш високу дискримінаційну здатність порівняно зі звичайними методами генотипування та виявляє випадки передачі, які були прогаяні епідеміологічними дослідженнями. Генетична відстань < 6 SNP (однонуклеотидних поліморфізмів) між ізолятами є прогностичним показником нещодавньої передачі збудника ТБ. Жодне з досліджень не проводилося шляхом прямого порівняння між ПСГ і звичайним генотипуванням з використанням невибіркового проспективного збору ізолятів. Були запропоновані мінімальні критерії звітності та параметри контролю якості для вивчення ПСГ.

Contact tracing complemented with genotyping is considered an important means of understanding person-to-person transmission of tuberculosis (TB). It still remains unclear whether Whole Genome Sequencing (WGS) of M. tuberculosis can rule in transmission and how it performs in different human populations, risk groups and across TB lineages. This systematic review aimed to determine the sensitivity and specificity of WGS for detection of recent transmission using conventional epidemiology as the gold standard and investigate if WGS identifies previously undetected transmission events. Systematic review was conducted according to the criteria of the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses group. A compound search strategy was developed to identify all relevant studies published between 01/01/2005 and 30/11/2014 using three online databases. Publications satisfying specific criteria have been identified and data extracted. A total of 12 publications were included. We established that WGS has a higher discriminatory power compared to conventional genotyping and detects transmission events missed by epidemiological investigations. A cut-off value of <6 SNPs between isolates may predict recent transmission. None of the studies performed a head-to-head comparison between WGS and conventional genotyping using unselected prospectively collected isolates. Minimum reporting criteria for WGS studies have been proposed and quality control parameters considered.